Los fondos públicos europeos para investigación se destinarán a los problemas comunes de los países miembros de la Unión Europea. El plan de Programación Conjunta presentado por la Comisión Europea se asegurará de ello a partir de 2010 además de garantizar la eficiencia de las inversiones que serán públicas en su totalidad. Los ministros de investigación europeos fijarán los objetivos de la Programación Conjunta y nombrarán  a un grupo de expertos para decidir las áreas donde invertir los fondos antes de fin de año.

Los países que de forma voluntaria quieran colaborar conjuntamente deberán elaborar un plan común a largo plazo sobre una materia. A partir de este plan se diseñará una Agenda Estratégica de Investigación (SRA) a la que se tendrán que adecuar todos los países involucrados. El problema a investigar deberá ser paneuropeo pero con unos objetivos claramente definidos.

En la actualidad, solo el 15 % de los fondos públicos para investigación en Europa se adjudican a nivel europeo mediante programas de la UE, organizaciones intergubernamentales como el Consejo Europeo de Investigación Nuclear (CERN) o programas paneuropeos como EUREKA. El resto se destina a proyectos diseñados y realizados a nivel nacional.

Estos porcentajes han llevado al Comisario de Ciencia e Investigación de la UE, Janez Potocnik, ha remarcar la importancia de la Programación Conjunta puesto que  «retos como los de seguridad alimentaria, sanidad, ecosistemas marinos y biodiversidad, cambio climático y energía no están limitados a las fronteras de cada Estado miembro, por lo que la investigación debería realizarse de manera conjunta y  no sólo nacional». Aunque ha reconocido que los programas nacionales son necesarios, ha asegurado que «en ciertas áreas de interés estratégico, pueden implicar una duplicación de esfuerzos y también conducir a una falta de masa crítica de recursos necesarios para lograr un impacto considerable». Janez Potocnik también ha admitido que como no «resulta fácil aumentar la inversión en investigación hasta el 3 % del PIB, tal y como se acordó en Lisboa, deberíamos incrementar el impacto de nuestras inversiones nacionales actuando de forma conjunta».

La CE ha iniciado cinco planes para reforzar el Estado Europeo de Investigación (EEI). La Programación Conjunta es un de ellos, el resto se centran en la gestión de la propiedad intelectual por parte de las organizaciones públicas de investigación; la movilidad y las carreras en la investigación; infraestructuras paneuropeas de investigación; y cooperación internacional en ciencia y tecnología.